嘉兴市农科院内设办公室、乡村振兴研究所、水稻育种研究所、生态环境研究所、经济作物研究所、生物技术研究所六个机构。
办公室
负责本院日常运转。承担文秘、信息、公开、信访、会务、机要、保密、安全、后勤等工作。负责人大政协建议提案、领导重要批示件督办工作。组织起草综合性材料、重要文件。负责干部人事管理、机构编制、离退休干部职工服务管理等工作。负责基础设施建设和科研基地服务保障工作。负责本院党的建设和群团工作。
室主任：陈纲
地址：浙江省嘉兴市秀洲区王江泾镇双桥，邮编：314016
电话：0573-83778004，传真：0573-83778636
Email:chengang001@163.com
乡村振兴研究所
承担实施乡村振兴战略相关工作。负责制订本院科技发展规划、科技创新制度，开展数字农业、智慧农业等研究。承担本院科研管理工作，负责对外合作交流、成果转化推广、科技服务和科普活动。负责科技信息情报和档案管理。负责本院预决算、财务、国有资产管理和内部审计工作。承担与其他科研院所共建创新载体和平台的日常具体工作。
所长：王晖
地址：浙江省嘉兴市秀洲区江泾镇双桥，邮编：314016
电话：0573-83770001 ，传真：0573-83778636
Email:65443404@qq.com
水稻育种研究所
承担水稻新品种选育、育种技术创新等科研工作。开展常规籼稻、粳稻新品种选育，杂交水稻新组合选育，籼粳亚种间杂交水稻新组合选育等。开展分子模块育种等现代育种技术创新和应用研究。承担国家级农作物区域试验站和省级水稻育种工程技术研究中心的日常工作。协助中科院遗传与发育生物学研究所嘉兴农作物高新技术育种中心科研工作。
所长：富昊伟
地址：浙江省嘉兴市秀洲区江泾镇双桥，邮编：314016
电话：0573-83777439，传真：0573-83778636
Email:fhw670225@sina.com
生态环境研究所
承担农作物绿色高质高效生产、病虫草害综合防控和农作制度创新技术等科研工作。承担农业面源污染控制、农业废弃物资源化综合利用、土壤污染治理、水域生态环境综合治理等领域的科研工作，承担本院主要农作物检疫性病害的检疫监管和技术指导。协助中科院生态环境中心嘉兴生态环境科技创新基地科研工作。
所长：陆强
地址：浙江省嘉兴市秀洲区江泾镇双桥，邮编：314016
电话：0573-83778052，传真：0573-83778636
Email:jxluqiang@163.com
经济作物研究所
承担油菜、蔬菜、旱粮、食用菌、花卉苗木、果树等经济作物新品种（新菌种）育种及配套技术、设施农业等科研工作。开展特色蔬菜、水生蔬菜等新品种引进和种质创制以及地方种质资源的保护、开发利用。承担国家及省油菜和大小麦新品种区域试验、地方特色蔬菜种质资源保护任务等科研工作。
所长：姚祥坦
地址：浙江省嘉兴市秀洲区江泾镇双桥，邮编：314016
电话：13758060595 ，传真：0573-83778636
Email:yxt156@hotmail.com
生物技术研究所
负责本院中心实验室的日常管理，负责转基因生物安全的监管和农作物及产品、土壤肥料水体等送检样品检测化验分析工作。承担农作物组织培养、花药培养、分子和基因育种等领域科研工作。承担农产品贮运保鲜、初深加工、电商等领域科研工作。
所长：褚伟雄
地址：浙江省嘉兴市秀洲区江泾镇双桥，邮编：314016
电话：13957367709 ，传真：0573-83778636
Email:chuwx001@sina.com